Fakultet inženjerskih nauka Univerziteta u Kragujevcu ima četiri organizacione jedinice: nastavno-naučnu, naučno-istraživačku i stručnu, tehničku i administrativnu.
Nastavno-naučna jedinica se bavi nastavnim i naučnim radom u cilju ostvarivanja plana i programa nastave na osnovnim akademskim, master akademskim i doktorskim studijama i svih oblika istraživanja (fundamentalna, razvojna i primenjena). Nastavno-naučnu jedinicu čine katedre koje su osnovni oblik organizovanja nastave i naučno-istraživačkog rada. Pet katedri (prema redosledu formiranja) su:
Naučnoistraživačka i stručna jedinica (Institut) se bavi naučnom, istraživačkom, razvojnom, stručnom, obrazovnom i izdavačkom delatnošću u oblasti mašinstva, izradom studija, ekspertiza, projekata i druge tehničke dokumentacije itd. Čine je laboratorije, centri i biblioteka.
Tehnička jedinica obavlja: laboratorijske poslove, poslove održavanja zgrada, opreme i instalacija, obezbeđenja objekata, kopiranja i fotografisanja i druge poslove tehničke prirode.
Administrativna jednica realizuje zadatke vezane za studentska pitanja, opšte, pravne, administrativne i finansijsko-materijalne poslove iz oblasti delatnosti Fakulteta.